Aunque se desconoce si el ketoconazol atraviesa la placenta en humanos, sí lo hace en animales de experimentación. En ratas tratadas con esta sustancia, la placenta presentaba hipertrofia, mayor peso, diámetro y grosor.

La administración de dosis orales de hasta 80 mg/Kg produce en las ratas alteraciones en los dedos de las patas traseras, como ausencia de dedos o sindactilia. El fármaco ha demostrado ser embriotóxico cuando se administra en el primer tercio de la gestación y ha causado distocias durante la última fase de esta.

No se han llevado a cabo estudios sobre su utilización en mujeres embarazadas. Por lo tanto, el ketoconazol no debe administrarse durante el embarazo, a menos que los beneficios potenciales justifiquen el posible riesgo para el feto.

Un estudio de casos y controles realizado en 2005 en Hungría sobre pacientes gestantes que habían tomado ketoconazol durante el 2º y 3º mes de embarazo en el periodo 1980-1996 no mostró diferencias significativas entre el número de malformaciones del grupo tratado con el medicamento frente al grupo control, siendo la prevalencia de anomalías muy similar(0.03%).

Algunos autores consideran que el uso tópico de azoles para el tratamiento de infecciones superficiales es seguro. Aunque la absorción vaginal es mayor que a través de la piel, esta vía de administración es probablemente segura, aunque no se dispone de datos al respecto. Sin embargo, el uso sistémico de estos mismos fármacos presenta un riesgo tóxico dosis dependiente, existiendo un serio peligro de malformaciones fetales.