La escasa información disponible acerca del uso de omeprazol durante la lactancia materna indica que la dosis estándar de 20 mg al día alcanza una concentración láctea baja y probablemente no cause trastornos en el bebé. Se considera que, a esta posología, el lactante podría recibir como máximo el 1% de la cantidad administrada a la madre, siendo la dosis terapéutica en un lactante de 1 mg/kg/día. No se conocen observaciones de efectos adversos, ni seguimientos sistemáticos de bebés expuestos al medicamento a través de la leche materna.

Los estudios en animales no han demostrado evidencia de toxicidad fetal o de efecto teratogénico. No obstante, el omeprazol, al igual que la mayoría de medicamentos, no se debe administrar durante el embarazo y la lactancia, a menos que su utilización se considere indispensable. La administración a mujeres de dosis de hasta 80 mg en 24 horas durante el parto no ha revelado ninguna reacción adversa del omeprazol sobre el recién nacido.